水文水资源学院前身为1952年建立的华东水利学院水文系；1984年更名为水资源水文系；1995年，学校内部机构调整，水资源水文系和环境科学与工程学院合并，成立水文水资源及环境学院；2002年，调整为水资源环境学院；2007年更名为水文水资源学院。 学院现设有水文与水资源工程系、水务工程系、城市资源环境系和地理信息科学系；水文预报研究所、工程水文及水文气象研究所、水资源研究所、水文水利自动化研究所、城市水务工程研究所、水生态环境研究所、干旱研究所、地理信息科学与工程研究所、中德水资源研究所；全球变化与水循环研究中心、平原河流与湖泊水文研究中心；河海大学水问题研究所和国际河流研究所；等等。1997年，联合国教科文组织通过专门议案，在我校设立UNESCO国际水文水资源及环境培训与研究中心。多年来，学院一直秉承“继承与发展”的方针，注重学术积累，已逐步形成覆盖水文、水资源、水环境及3S技术应用领域比较稳定的研究方向，有一支理论基础深厚、实践经验丰富老、中、青相结合的学术带头人和学术骨干队伍，并与国内外水文水资源领域著名的学术机构建立了良好的合作关系。学院紧密跟踪与引导学科发展趋势，积极参与解决国民经济建设中的重大水文水资源及环境问题，总体上居国际先进水平。